Seringkali pada suatu perairan terdapat kelimpahan suatu biota yang berlebihan (blooming) yang mengganggu aktifitas-aktifitas yang ada di suatu perairan. Kelimpahan ini terjadi pada suatu tingkatan pada jaring makanan dan biasanya dimulai dari jaring makanan dibawahnya. Kelimpahan ini biasanya akan menyebabkan merusak jaring makanan diatas atau mungkin akan menyebabkan kematian. Hal ini terjadi karena jumlah yang berlebih dari biota tersebut yang mengganggu jaring makanan diatasnya.
Sebagai contoh, peningkatan jumlah fitoplankton atau mikroalga akibat terjadi peningkatan nutrien pada suatu perairan akan menyebabkan terjadi peningkatan kelimpahan alga (algal blooms) pada jaring makanan diatasnya. Beberapa spesies alga yang berlimpah akan memiliki sifat yang merusak. Terdapat tiga kelompak alga yang berlimpah yang memiliki sifat yang merusak. Kelompok pertama yaitu alga yang melimpah tetapi tidak bersifat toksik (cyanobacteria, diatoms dan makroalga), tetapi ketika agla ini muncul dalam jumlah yang berlebih akan menyebabkan kematian pada ikan, invertebrata dan biota lainnya karena minimnya oksigen terlarut yang tersedia akibat dikonsumsi oleh alga yang berlebih. Kelompok kedua adalah alga yang berlimpah dan mengeluarkan zat yang bersifat toksik (cyanobacteria toksik dan dinoflagellates) sehingga mengakibatkan proses kematian biota pada jaring makanan diatasnya melalui proses bioakumulasi. Kelompok ketiga adalah alga yang berlimpah dan tidak memiliki sifat toksik tetapi alga ini memiliki karakter fiosiologi berupa duri-duri kecil yang tajam (beberapa diatoms dan dinoflagellates dan raphidophytes) sehingga berakibat kerusakan pada insang dan kelenjar ikan.
Dampak lain akibat peningkatan kelimpahan alga adalah perubahan yang besar pH, turbiditas karena penetrasi cahaya matahari yang masuk ke perairan terhalang sehingga akan mengurangi keberadaan padang lamun dan biota di dalam habitat tersebut dan pada saat terjadi kematian alga akan menyerap lebih oksigen terlarut pada proses bioavailable nitrogen. Dampak lainnya adalah bagi industri pariwisata pantai karena keberadaan alga yang berlimpah akan berbahaya bagi manusia dan mengganggu keindahan pantai.
Begitu pula untuk biota lainnya, jika terdapat suatu jenis biota berlimpah atau menurun secara mendadak maka akan terjadi gangguan pada sistem jaring makanannya dan dapat mengakibatkan dampak yang merugikan bagi aktifitas manusia. Teknologi pemodelan dapat membantu untuk memprediksi kapan akan terjadi perubahan parameter biologi dan bagaimana proses tersebut dapat terjadi serta bagaimana untuk mengatasi agar tidak terjadi lagi gangguan kelimpahan biota di suatu perairan.
Skenario pemodelan dibangun dengan dua pendekatan yaitu pertama model dibangun atas dasar kemungkinan penyebab gangguan sistem perairan secara biologis dan kedua adalah dengan membangun skenario pemodelan untuk memonitoring dan memprediksi siklus dan interaksi biota dalam jaring makanan. Modul model Hidrodinamika digunakan untuk memprediksi pola sirkulasi dan tinggi muka laut. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk memprediksi parameter kimia yang berperan dalam suplai nutrien untuk produsen atau jaring makanan terendah. Modul model Analisis Tumpahan Minyak digunakan untuk memonitoring atau memprediksi komponen minyak jika di perairan tersebut memiliki potensi terjadinya tumpahan minyak yang akan mengganggu kestabilan biota didalam jaring makanan. Modul Model Ekosistem digunakan untuk memonitoring dan memprediksi interaksi antar parameter di dalam suatu ekosistem dan jaring makanan sehingga dapat diketahui dengan cepat gangguan pada kelimpahan biota tertentu. Hasil pemodelan dan simulasi diintegrasikan dengan data dan informasi pendukung lainnya dengan menggunakan modul model GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi prediksi parameter biologi laut dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.