Pada suatu perairan terkadang ditemukan suatu biota yang mati mendadak secara masal. Pertanyaan yang muncul adalah apakah kematian biota laut tersebut disebabkan karena proses alamiah atau karena adanya bahan pencemar yang masuk ke perairan. Setelah dilakukan analisis awal diketahui bahwa kematian masal tersebut disebabkan oleh suatu bahan pencemar. Investigasi awal kemudian dilakukan, tetapi tidak ditemukan sumber buangan limbah dengan karakteristik yang sama dengan sampel bahan yang diambil di perairan tersebut. Selain itu, tidak diketahuinya kapan sebenarnya limbah buangan bahan pencemar itu masuk ke perairan tersebut. Permasalahan ini seringkali dialami, karena pada kenyataannya karakter bahan pencemar tersebut telah berubah karena bereaksi secara kimiawi dengan lingkungan perairan laut dan juga ternyata proses reaksi perubahan suatu buangan limbah menjadi bahan pencemar terjadi pada periode waktu yang cukup panjang. Proses fisis perairan bekerja secara dinamis, diiringi dengan proses-proses kimia unsur-unsur di laut dan perpindahan bahan pencemar secara biologis antar biota laut pada jaring makanan melalui proses bioakumulasi, biokonsentrasi atau biomagnifikasi berjalan, sehingga semakin mempersulit untuk menelusuri sumber dari bahan pencemar tersebut.
Kendala tersebut dapat diatasi dengan memanfaatkan teknologi pemodelan. Teknologi pemodelan dapat secara tepat dan cepat membantu untuk mengkaji dan mengidentifikasi sumber bahan pencemar yang menyebabkan terganggunya sistem lingkungan perairan yang dampaknya berakibat pada kematian biota laut. Skenario pemodelan dibangun dan disusun secara bertahap yaitu pertama mengidentifikasikan potensi sumber buangan limbah pencemar. Pada tahap ini dilakukan inventarisasi dimana dan aktifitas apa saja yang dilakukan serta kemungkinan adanya buangan limbah pencemar. Tahap kedua adalah melakukan identifikasi jenis buangan sumber limbah yang mungkin menjadi bahan pencemar setelah masuk ke perairan. Tahap ketiga adalah dengan cara memodelkan baik secara fisik, kimia dan biologi bahan buangan limbah tersebut sehingga dapat diketahui perubahan karakter bahan buangan, pola distribusinya dan periode waktu sampai bahan buangan limbah tersebut bersifat toksik yang mematikan. Setalah tahap ini dilakukan maka dari hasil interpretasi simulasi model dapat diketahui kemungkinan terbesar sumber bahan buangan limbah yang menyebabkan kematian masal biota perairan tersebut.
Modul model Hidrodinamika dan Adveksi-Dispersi berguna untuk mensimulasikan sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan pola penyebaran dan fate bahan limbah buangan. Modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air bermanfaat untuk mengkaji pola penyebaran unsur kimiawi limbah buangan yang berasosiasi dengan sedimen. Modul model Analisis Tumpahan Minyak digunakan jika diduga bahan buangan limbah pencemar tersebut merupakan sebagian dari fraksi minyak dari komponen PAH (Poly Aromathic Hydrocarbon).
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi identifikasi bahan pencemar dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.