Kondisi lingkungan perairan dan kaitannya dengan keberadaan suatu organisme tertentu adalah suatu topik riset yang unik. Keunikan tersebut terlihat dari bagaimana suatu spesies biota perairan akan merespon setiap perubahan yang terjadi pada lingkungannya. Respon ini merupakan proses adaptasi dari biota yang bersangkutan. Masing-masing biota memiliki respon yang berbeda-beda terhadap perubahan yang terjadi di lingkungannya atau besar kecilnya perubahan kondisi lingkungan akan direspon berbeda meskipun pada spesies yang sama.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk mendukung kajian interaksi lingkungan dengan biota perairan. Tahapan yang dilakukan adalah pertama mengidentifikasikan respon biota terhadap perubahan kondisi lingkungan dan tahap kedua pemanfaatan teknologi pemodelan untuk mensimulasikan perubahan kondisi fisik, kimia dan biologi perairan. Skenario pemodelan dibangun berdasarkan perubahan-perubahan kondisi fisik, kimia biologi perairan yang mungkin terjadi dan berdampak pada respon tingkah laku dari biota. Perubahan kondisi fisik, kimia dan biologi pada suatu lokasi di perairan ini dari hasil pemodelan kemudian dikaji keterkaitannya dengan perubahan kondisi biota yang ada.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mengetahui pola sirkulasi arus dan perubahan tinggi muka laut dan modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengetahui pola penyebaran parameter-parameter kimia dan biologi yang akan mempengaruhi kondisi dari biota. Modul model Morphologi Pantai penting untuk digunakan jika di perairan tersebut memiliki struktur pantai yang labil atau telah mengalami perubahan karena aktifitas manusia. Perubahan dan pergerakan partikel berkaitan pula dengan perubahan morphologi pantai, oleh karena itu modul model Pergerakan Partikel dapat pula digunakan untuk kajian ini. Modul model Ekosistem digunakan jika disuatu perairan memiliki tingkat kekompleksan yang tinggi dari interaksi antara lingkungan dengan biota perairannya. Modul model GIS Kelautan dimanfaatkan untuk mengintegrasikan hasil simulasi seluruh pemodelan dengan informasi hasil identifikasi kedalam sistem informasi geografis sehingga akan memudahkan untuk melakukan intrepetasi hasil kajiannya.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi interaksi lingkungan dan biota perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.