Peralatan dan instrumen parameter biologi yang akan diukur yaitu sebagai berikut:
1. BOD (Biological Oxigen Demand)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan BOD di laboratorium.
2. COD (Chemical Oxigen Demand)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan COD di laboratorium.
3. DO (Dissolved Oxigen)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan DO di laboratorium. Data DO sinoptik diukur pula dengan menggunakan alat DO meter.
4. POM (Particulated Organic Matter)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan POM di laboratorium.
5. Nutrien
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan nutrien (fosfat, nitrat, nitrit, silikat dan lain-lain) di laboratorium.
6. Klorofil
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu pada botol gelap dan botol terang untuk analisis kandungan klorofil di laboratorium.
7. Fitoplankton
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis jumlah dan jenis fitoplankton di laboratorium.
8. Zooplankton
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis jumlah dan jenis zooplankton di laboratorium.
9. Organisme Bentik
Pengambilan sampel sedimen dengan menggunakan sediment trap atau alat sejenis dengan volume tertentu sesuai dengan kebutuhan. Sampel sedimen yang mengandung organisme bentik ditempatkan pada tempat khusus dan diberi pengawet untuk analisis jumlah dan jenis organisme bentik di laboratorium.
10. Keragaman Biota
Organisme laut dalam suatu ekosistem yang dapat terlihat secara visual dihitung densitasnya dengan menggunakan alat selam lengkap.
11. Dominansi Biota
Organisme laut dalam suatu ekosistem yang dapat terlihat secara visual dihitung densitasnya dengan menggunakan alat selam lengkap.