Pemodelan yang dibangun di daerah perairan pesisir pantai diperlukan kejelian tersendiri dalam menyusun skenario pemodelan beserta dengan data dan parameter-parameter yang dibutuhkan sebagai data masukan model. Dinamika perairan di daerah pesisir sangat kompleks dengan variabilitas yang tinggi. Kualitas dan kuantitas akuisisi data lapangan dari daerah perairan pesisir sangat dibutuhkan pada proses verifikasi dan validasi model yang akan dibangun.
Beragam alat dan instrumen disediakan dengan berbagai jenis dan spesifikasi tertentu sesuai dengan perairan pesisir. Peralatan dan instrumen tersebut dikelompokan berdasarkan parameter-parameter yang akan diukur yaitu sebagai berikut:
a. Parameter Fisik:
1. Rona Pantai (Karakteristik Pantai)
2. Batimetri
3. Suhu
4. Salinitas
5. Arus
6. Gelombang
7. Pasang-Surut
8. Sedimen Dasar
9. Sedimen Kolom Air
b. Parameter Kimia:
1. Komponen Inorganik
2. Komponen Organik
3. Padatan Tersuspensi
4. Kimia Sedimen
5. Bahan Pencemar:
1. Logam Berat
2. PAH (Polyaromathichydrocarbon)
3. Klorohidrokarbon
4. Pestisida dan PCBs (Polychlorinated Biphenyls)
5. Organik
c. Parameter Biologi:
1. BOD (Biological Oxigen Demand)
2. COD (Chemical Oxigen Demand)
3. DO (Dissolved Oxigen)
4. POM (Particulated Organic Matter)
5. Nutrien
6. Klorofil
7. Fitoplankton
8. Zooplankton
9. Organisme Bentik
10. Keragaman Biota
11. Dominansi Biota