Peralatan dan instrumen parameter biologi laut yang akan diukur yaitu sebagai berikut:
1. Klorofil
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu pada botol gelap dan botol terang untuk analisis kandungan klorofil di laboratorium.
2. BOD (Biological Oxigen Demand)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan BOD di laboratorium.
3. DO (Dissolved Oxigen)
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan DO di laboratorium. Data DO sinoptik diukur pula dengan menggunakan alat DO meter.
4. Nutrien
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis kandungan nutrien (fosfat, nitrat, nitrit, silikat dan lain-lain) di laboratorium.
5. Fitoplankton
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis jumlah dan jenis fitoplankton di laboratorium.
6. Zooplankton
Pengambilan sampel air dari beberapa kolom air dengan menggunakan beberapa jenis bottle sampling yang sesuai dengan volume air yang dibutuhkan. Sampel air laut diberikan perlakuan tertentu untuk analisis jumlah dan jenis zooplankton di laboratorium.
7. Kelimpahan Ikan
Akuisisi data kelimpahan ikan dengan menggunakan alat echosounder dan fishfinder dan diproses melalui echointegrator yang menterjemahkan sinyal akustik dengan counter ikan.