Perencanaan disain dan struktur bangunan pelabuhan sangat kompleks. Tujuan akhir dari hasil disain dan struktur bangunan yang tepat adalah bagaimana membuat areal pelabuhan laut berfungsi optimal, aman bagi kapal dan dapat kuat terhadap kondisi perairan yang dinamis. Berfungsi optimal berarti bahwa hasil disain yang dibuat memiliki layout yang efektif dan efisien untuk keluar masuk kapal, bongkar muat kapal di dermaga, area lego jangkar yang terlindung dan lain sebagainya dimana optimasi yang dilakukan telah mempertimbangkan pengaruh dari gangguan gelombang dan sirkulasi arus laut. Aman bagi kapal memiliki arti bahwa gelombang yang ditimbulkan oleh keluar masuknya kapal tidak menimbulkan gangguan keamanan dari efek refleksi, refraksi dan resonansi gelombang. Selain itu, aman pula terhadap gangguan fenomena gelombang, sedimentasi (pendangkalan) dan sirkulasi arus yang terbentuk dari struktur pelabuhan. Struktur bangungan yang kuat memiliki arti bahwa kerusakan akibat dari dinamika perairan meliputi gelombang, arus, suhu dan salinitas laut dapat ditekan sedemikian rupa sehingga struktur bangunannya dapat bertahan lama.
Perencanaan desain dan struktur bangunan pelabuhan dapat dibantu dengan mudah melalui pemanfaatan teknologi pemodelan dari mulai perencanaan, pembangunan sampai dengan pemantauan kondisi perairan di areal pelabuhan. Berbagai kajian yang mendalam dapat dilakukan meliputi pola penyebaran sedimentasi, pola sirkulasi arus, tinggi muka laut, perencanaan pengerukan dasar perairan, perubahan garis pantai dan yang terpenting adalah kajian mengenai identifikasi fenomena-fenomena gelombang dengan berbagai parameternya. Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari perencanaan struktur dan desain pelabuhan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.