Perairan laut yang memiliki muara sungai atau disebut juga perairan estuari memiliki kondisi perairan yang bervariasi, tergantung dari perubahan besar-kecilnya masukan air tawar dari aliran sungai. Masukan air tawar dari sungai memiliki siklus musiman. Kecil pada saat musim kemarau dan besar pada saat musim penghujan. Kondisi perairan seperti ini merupakan kondisi yang normal. Keadaan tidak normal terjadi jika masukan air tawar ke perairan laut melalui muara sungai dalam kondisi yang ekstrim seperti terjadinya hujan berkepanjangan, hujan badai, banjir bandang dan pelepasan air dari sistem pengairan dan industri. Kondisi ini akan berakibat terpengaruhnya kondisi perairan laut terutama penurunan salinitas dengan drastis dalam kurun waktu pendek. Secara umum kemungkinan penyebab meningkatnya masukan air tawar yang menyebabkan penurunan salinitas adalah sebagai berikut:
- Pelepasan air tawar dari wilayah pertanian di daerah aliran sungai yang berlebihan.
- Masukan air tawar dari hujan badai di daerah aliran sungai dan buang limbah cair dari industri
- Kejadian banjir besar
Masukan air tawar yang berlebih akan turut serta membawa material sedimen dan partikel lain menuju ke perairan laut dan menimbulkan deposit sedimen dibeberapa tempat. Jika kondisi ini sering terjadi maka deposit sedimen akan berlangsung terus menerus yang pada akhirnya akan terbentuk perluasan dataran di muara sungai, terbentuk delta, perubahan alur sungai, perubahan dinamika aliran sungai dan pendangkalan di beberapa tempat.
Gejala yang timbul karena adanya masukan air tawar yang berlebih yang menyebabkan penurunan salinitas adalah sebagai berikut:
- Matinya hewan di perairan estuari
- Menurunnya biodiversiti
- Menurunnya salinitas
- Perubahan hasil tangkapan seafood
- Perubahan komposisi spesies
Teknologi pemodelan dapat mengkaji secara komprehensif dan mendalam dengan mensimulasikan perubahan-perubahan kondisi perairan akibat dari meningkatnya masukan air tawar ke perairan laut dan estuari. Interaksi antara proses fisik-kimia-biologi dapat digambarkan dengan jelas hubungan antar parameternya. Beragam skenario dapat dimodelkan untuk membangun simulasi sebagai persiapan apabila kondisi ekstrik terjadi dan dapat menduga dampak apa saja yang mungkin terjadi.
Modul model Aliran Sungai dan Banjir di Daratan dimanfaatkan untuk mengkaji peningkatan masukan massa air tawar dari daerah aliran sungai ke muara sungai. Modul model hidrodinamika digunakan untuk mensimulasikan sirkulasi arus laut dengan kondisi perairan yang berbeda (pasang-surut, angin dan gelombang). Penyebaran penurunan salinitas dapat disimulasikan dengan menggunakan modul model Adveksi-Dispersi dan pergerakan sedimen menggunakan modul model Pergerakan Sedimen Dasar, Sedimen Kolom Air dan Partikel. Pola garis pantai dari perluasan dataran atau mungkin delta dapat disimulasikan dengan menggunakan modul model Morphologi Pantai.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi Limpasan Permukaan Air Tanah dan Sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.