Perikanan tangkap pesisir adalah usaha perikanan tangkap dimana kondisi perairannya masih dipengaruhi oleh perubahan atau masukan suatu bahan kedalaman perairannya. Perairan tersebut meliputi perairan estuari yang memiliki muara sungai, dapat berupa perairan teluk terbuka maupun semi tertutup dan perairan pesisir yang tidak jauh dari pantai. Umumnya usaha perikanan tangkap pesisir didominasi oleh nelayan-nelayan yang memiliki kapal atau perahu dengan ukuran kecil dengan kemampuan jelahannya terbatas dan teknologi alat tangkapnya masih sederhana. Tetapi pada kenyataannya perairan ini sangat kompleks karena dipengaruhi oleh energi yang datang dari laut dan dari daratan dan bahan dari daratan dan lingkungan laut.
Salah satu sumber nutrient terbesar bagi perairan ini datangnya adalah dari sungai dan umumnya perairan ini memiliki produktifitas primer yang besar dimana seharusnya perairan ini memiliki kelimpahan ikan yang besar, tetapi sayangnya di perairan ini pula merupakan regim perairan yang memiliki variabilitas yang sangat besar. Kestabilan perairannya rendah karena dipengaruhi oleh laut dan daratan, sehingga kondisi ini adalah menjadi batasan terbesar bagi ikan untuk dapat bertahan lama di perairan ini.
Jika dikaitkan dengan keberadaan ikan maka semakin besar pengaruh dari daratan akan semakin tidak stabil dan kompleks sehingga mengurangi keberadaan ikan tangkapan di perairan ini. Sebagai contoh di perairan dekat pantai dimana terdapat hamparan terumbu karang, biasanya perairan ini tidak memiliki muara sungai sehingga masukan bahan tertentu dari daratan sangat kecil. Energi terbesar datang dari laut sehingga perairan ini didominasi oleh pengaruh laut. Keberadaan suatu jenis ikan tangkapan biasanya relatif lebih lama. Jenis ikan ini yaitu ikan karang seperti kakap, kerapu, kuwe dan lain sebagainya.
Berdasarkan kondisi perairan pesisir seperti yang telah disebutkan diatas maka kajian mengenai perikanan tangkap pesisir menjadi sangat menarik. Selain itu dapat membantu nelayan-nelayan disekitar perairan ini untuk dapat memanfaatkan sumberdaya ikan tangkapan dengan optimal dan lestari, juga dapat membantu manajemen pesisir secara terpadu. Kajian ini dapat didukung oleh teknologi pemodelan sehingga varibilitas perairan dapat diketahui dan dipahami karakteristiknya, bagaimana interaksinya dengan parameter-parameter fisik, kimia dan biologi perairan dan hubungannya dengan keberadaan ikan tangkapan di perairan ini.
Skenario pemodelan dibangun berdasarkan lokasi perairan dan karakteristiknya. Pengaruh dari parameter fisik, kimia dan biologi yang berperan menentukan keberadaan ikan tangkapan di perairan tersebut skenarionya disusun berdasarkan periode waktu siklus perubahannya. Skenario interaksi antara parameter fisik, kimia dan biologi dengan keberadaan ikan tangkapan dibangun agar dapat diketahui respon dari ikan tangkapan tersebut.
Modul model hidrodinamika digunakan untuk mengkaji karakteristik perairan berupa pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola distribusi dan konsentrasi parameter-paramet fisik dan kimia perairan. Modul Model Ekosistem digunakan untuk mengatasi kompleksitas perairan ini sehingga dapat dipahami proses interaksi parameter fisik, kimia dan biologi dengan keberadaan ikan tangkapan di perairan ini. Jika di perairan ini merupakan perairan estuari yang memiliki muara sungai dan kontribusi masukan material sungai kedalam sistem perairan maka modul model Aliran Sungai digunakan untuk memahami peran sungai dalam kestabilan perairan. Hasil simulasi dan pemodelan diintegrasikan dengan data dan informasi pendukung lainnya kedalam suatu sistem informasi geografis sehingga hasil pemodelan dan informasi pedukung lainnya dapat dengan mudah untuk diinterpretasikan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi perikanan tangkap pesisir dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.