Perairan Indonesia memiliki variabilitas yang besar dan pada setiap perairan memiliki karakteristik tersendiri yang khas. Hal ini disebabkan karena perairan Indonesia secara oseanografi dipengaruhi oleh variabilitas samudera dari barat-timur yaitu Samudera Hindia dan Samudera Pasifik dan variabilitas lautan dari utara-selatan yaitu Laut Cina Selatan, Laut Sulawesi dan laut jawa yang dipengaruhi arus Hambolt dari pantai barat Australia. Secara klimatologi dipengaruhi oleh variabilitas iklim dari barat-timur yaitu Sirkulasi Walker yang berperan dalam pembentukan Angin Passat Tenggara dan Angin Passat Timur Laut di atas Samudera Hindia dan Samudera Pasifik dan dari utara-selatan yaitu Sirkulasi Hadley yang berperan dalam pembentukan Angin Muson Asia dan Angin Muson Australia.
Perairan Indonesia adalah sebagai penghubung dari semua proses oseanografi dan klimatologi. Artinya adalah bahwa perairan Indonesia merupakan daerah percampuran dari semua proses-proses tersebut yang pada akhirnya menyebabkan masing-masing perairan di wilayah Indonesia memiliki karakteristik tersendiri yang unik satu sama lainnya. Lokasi perairan yang dekat dengan suatu proses akan didominasi oleh proses tersebut.
Faktor terbesar yang mempengaruhi perikanan laut lepas adalah karakteristik-karakteristik perairan yang unik ini. Hal ini merupakan suatu kendala bagi para pelaku industri perikanan tangkap, karena keberadaan ikan disuatu lokasi sangat ditentukan oleh kondisi perairannya masing-masing. Keberadaan ikan dalam jumlah besar (fish scholing) pada prinsipnya dipengaruhi oleh tiga faktor yaitu kondisi perairan yang mendukung secara fisiologi ikan, keberadaan makanan ikan tangkapan yaitu ikan-ikan lain (prey) sebagai mangsa ikan (predator) yang juga dipengaruhi oleh kondisi lingkungan perairan dan jumlah stok ikan yang dipengaruhi oleh aktifitas penangkapan.
Parameter kondisi perairan tersebut meliputi daerah-daerah front yaitu daerah pertemuan dua arus, daerah yang memiliki perubahan suhu permukaan laut yang besar, daerah yang memiliki kedalaman lapisan tercampur (mixed layer depth) tertentu, daerah yang memiliki ketebalan lapisan termoklin tertentu, daerah upwelling dimana terjadi penaikan massa air dari dalam perairan ke arah permukaan laut dan daerah turbulen yang disebabkan oleh keberadaan eddy (sirkulasi memutar) yang bersifat divergen. Parameter kondisi perairan tersebut berbeda-beda setiap saat bervariasi berdasarkan waktu baik secara diurnal (harian), musiman, maupun bahkan tahunan. Begitu pula antar perairan yang berbeda, variasi berdasarkan waktunya pula akan berbeda-beda polanya.
Keberadaan ikan tangkapan juga ditentukan oleh ketersediaan makanan berupa ikan-ikan yang lebih kecil sebagai target mangsanya dibawah tingkatan jaring makanannya. Keberadaan ikan-ikan kecil ini juga dipengaruhi oleh parameter-parameter kondisi lingkungan perairan. Oleh karena itu, dalam melakukan kajian mengenai perikanan tangkap lepas pantai sangat penting untuk fokus kepada bagaimana perubahan-perubahan parameter kondisi lingkungan perairan bekerja. Teknologi pemodelan dapat membantu dengan cepat dan tepat untuk mensimulasikan perubahan-perubahan parameter kondisi lingkungan perairan sehingga dapat dipahami bagaimana proses-proses perubahan ini bekerja dan bagaimana interaksi antar satu parameter dengan parameter lainnya, apa yang mempengaruhi perubahan tersebut dan bagaimana respon ikan tangkapan terhadap suatu nilai perubahan dari masing-masing parameter.
Skenario pemodelan dibangun berdasarkan lokasi perairannya, identifikasi parameter-parameter yang berperan terhadap ikan tangkapan, identifikasi faktor yang menyebabkan perubahan parameter, indentifikasi interaksi antara proses-proses perubahan dan respon ikan tangkapan terhadap perubahan yang akan terjadi. Skenario-skenario pemodelan tersebut disusun berulang-ulang sampai mendapatkan sampai ditemukan suatu kombinasi proses fisik, kimia dan biologi yang dapat dipahami.
Modul model Hidrodinamikan digunakan untuk mengidentifikasikan pengaruh sirkulasi arus dan tinggi muka laut terhadap perubahan parameter-parameter kondisi lingkungan. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mensimulasikan kamponen parameter terlarut, sehingga dapat diketahui pola distribusi dan konsentrasinya. Modul Model Ekosistem digunakan untuk memetakan perubahan parameter kondisi perairan dan interaksi antara proses fisik-kimia-biologi dan responnya terhadap ikan tangkapan. Hasil pemodelan dan simulasi diintegrasikan dengan data dan informasi tambahan lainnya dengan menggunakan teknologi sistem informasi geografis sehingga dapat dengan mudah menginterpretasikan hasil analisis dan kajiannya.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi perikanan tangkap laut lepas dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.