Muara sungai yang stabil adalah muara sungai yang tidak terjadi perubahan kedalaman dasar perairan dan bentukan dari muara sungai tersebut. Artinya bahwa tidak terjadi perubahan yang signifikan dari masukan air tawar yang membawa material sedimen di sepanjang sungai dan pengaruh dari laut lepas tidak merubah struktur dan bentukan di muara sungai. Kestabilan muara sungai cukup penting karena dinamika di perairan di muara sungai dan estuari sangat dinamis. Oleh karena itu jika terjadi perubahan dari faktor laut lepas dan sungai, kondisi yang dinamis di muara sungai akan terganggu dari dominasi salah satu faktor dari sungai atau laut. Sedikit perubahan atau gangguan dari laut lepas atau sungai akan berdampak besar diperairan muara sungai dimana waktu pemulihan yang dibutuhkan cukup lama. Faktor terbesar yang mempengaruhi perubahan tersebut adalah berubahnya pola sirkulasi arus di muara sungai yang disebabkan oleh perubahan bentukan struktur dan kedalaman muara sungai. Lapisan percampuran massa air tawar dengan salinitas rendah dan massa air laut dengan salinitas tinggi akan berubah secara permanen. Konsekuensinya akan menyebabkan perubahan yang signifikan dari organisme dan tumbuhan di lingkungan muara sungai.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk mensimulasikan perubahan struktur bentukan dan profil kedalaman di muara sungai. Simulasi yang dilakukan dapat untuk jangka waktu pendek dengan skenario kondisi sungai dan laut yang ekstrim atau dengan jangka waktu panjang untuk melihat komulatif perubahan yang akan terjadi.
Modul model Hidrodinamika dan Aliran sungai digunakan untuk mengkaji pola sirkulasi di muara sungai dan aliran sungai. Suplai sedimen dan partikel dari sungai dan laut disimulasikan dengan menggunakan modul Pergerakan Sedimen Dasar, Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel. Modul gelombang meliputi Gelombang Spektral, Gelombang Spektral di Perairan Dangkal, Gelombang Parabolic Mild Slope, Gelombang Elliptic Mild Slope, Refraksi-difraksi Gelombang, Gelombang Boussinesq dan Perangkat Analisis Gelombang digunakan untuk mengkaji efek dari energi gelombang terhadap perubahan struktur bentukan dan profil kedalaman di muara sungai. Hasil akhirnya dari modul tersebut disimulasikan dengan menggunakan modul Morphologi Pantai dan Proses Litoral dan Dinamika Garis Pantai.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi stabilitas muara sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.