Setiap perairan memiliki karakteristik tersendiri yang berbeda dengan perairan lain. Karakteristik tersebut ditentukan oleh perubahan dari parameter fisik, kimia dan biologi perairan yang dipengaruhi oleh varibilitas iklim di wilayah tersebut. Kondisi lingkungan perairan yang berbeda antara satu perairan dengan perairan yang lain akan menyebabkan jenis dan karakteristik biota yang hidup sesuai di dalam habitat beserta ekosistemnya tersebut juga akan berbeda. Jenis biotanya mungkin akan sama tetapi kualitas untuk hidup optimal antara satu perairan dengan perairan lainnya akan berbeda. Kondisi yang sama akan berlaku pada perencanaan pembangunan industri budidaya laut.
Kadangkala terjadi dimana pelaku usaha industri budidaya laut telah memiliki areal lahan perairan, kemudian akan membuka areal perairan tersebut untuk industri budidaya laut, tetapi menghadapi kendala jenis ikan apa yang sesuai dengan perairannya dan bagaimana mengoptimalisasikan ikan jenis tersebut agar pertumbuhan dapat optimal. Kemungkinan lainnya adalah pelaku usaha industri budidaya laut tersebut telah menyeleksi dan memperhitungkan sebelumnya nilai ekonomis dari beberapa jenis ikan, tetapi masih mengalami kendala dari hasil seleksi tersebut masih ada beberapa jenis ikan dan harus memilih jenis ikan apa yang paling tepat untuk dibudidayakan diperairannya dan sesuai dengan kondisi perairannya sehingga aktifitas budidayanya dapat berjalan dalam jangka waktu yang panjang dan menguntungkan. Kendala ini dapat diatasi dengan cara melakukan kajian yang komprehensif antara karakteristik fisiologi ikan-ikan tersebut dengan dukungan karakteristik kondisi lingkungan perairannya.
Teknologi pemodelan dapat membantu kajian tersebut sehingga mempercepat proses pengambilan keputusan jenis ikan apa yang tepat untuk dibudidayakan di perairan tersebut dan bagaimana mengoptimalisasikannya. Teknologi pemodelan dapat mensimulasikan kondisi perairan dari mulai kondisi normal sampai dengan kondisi ekstrim yang mungkin terjadi di perairan tersebut sehingga pada semua kondisi lingkungan perairan jenis ikan yang terpilih mampu bertahan hidup dengan baik. Optimalisasi dilakukan setelah memahami bagaimana kondisi perairan dan jenis ikan dari hasil pemodelan dengan cara mengatur ukuran kolam ikan, jumlah ikan, pola penempatan tiap kolam, kedalaman kolam ikan, jenis jaring yang digunakan, kombinasi disain keseluruhan kolam dan perlakuan khusus lainnya yang diperlukan sehingga keterbatasan dari kondisi lingkungan perairan dapat diminimalisir.
Skenario pemodelan dibangun berdasarkan karakteristik alamiah dari parameter-parameter fisik, kimia dan biologi perairan, variabilitas normal berdasarkan periode waktu (bulanan, musiman atau tahunan), kondisi ekstrim perairan dan nilai selang optimum dari karakteristik jenis ikan yang akan dipilih. Informasi dari hasil pemodelan ini dimodelkan kembali untuk melakukan pemodelan penentuan optimalisasi jenis ikan budidaya laut yang terpilih.
Model model Hidrodinamika digunakan untuk mengkaji kondisi sirkulasi arus dan tinggi muka laut baik pada saat kondisi normal, ekstrim dan kondisi ideal bagi jenis-jenis ikan yang akan dibudidayakan. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola distribusi dan konsentrasi parameter fisik dan kimia terlarut baik pada saat kondisi normal, ekstrim dan kondisi ideal bagi jenis-jenis ikan yang akan dibudidayakan. Modul model Pergerakan Partikel digunakan untuk mengkaji pola distribusi partikel yang berasosiasi dengan unsur atau senyawa kimia perairan. Jika pada suatu perairan memiliki tingkat kompleksitas ekosistem yang besar maka kajian interaksi antara parameter fisik dan kimia serta responnya terhadap struktur dan siklus biota perairan dan kaitannya dengan jenis ikan yang akan dibudidayakan maka modul Model Ekosistem akan digunakan. Modul model Gelombang Spektral digunakan jika pengaruh energi dari regim gelombang mendominasi perairan tersebut. Hasil simulasi dan pemodelan diintegrasi dengan data dan informasi pendukung lainnya dengan menggunakan modul model GIS Kelautan sehingga data dan informasi yang terintegrasi tersebut dapat dengan mudah diinterpretasi oleh pengambil keputusan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi identifikasi dan optimalisasi jenis budidaya laut dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.