Dalam rencana tata ruang, pada suatu wilayah di perairan akan direncanakan untuk dijadikan lokasi budidaya laut atau salah satu industri perikanan akan membuka budidaya perikanan dalam skala besar. Pertanyaan yang akan muncul adalah seberapa luas areal tersebut yang dapat digunakan untuk budidaya perikanan sehingga tidak mengganggu daya dukung lingkungan perairan. Kemampuan suatu lingkungan untuk mendukung keberadaan ikan-ikan yang dibudidayakan sehingga dapat hidup dengan optimal memiliki batasan tertentu. Pada perairan tertentu dengan perairan yang lain memiliki kemampuan daya dukung yang berbeda-beda. Secara alamiah, proses-proses fisik, kimia dan biologi akan saling berinteraksi merespon keberadaan ikan-ikan dalam jumlah yang besar tersebut.
Sebagai contoh, semakin banyak ikan yang dibudidayakan akan semakin besar kebutuhan oksigen terlarut dalam perairan sehingga mengurangi kadar oksigen di dalam perairan dan berdampak negatif bagi pertumbuhan ikan yang dibudidayakan. Ketersedian pakan alamiah untuk budidaya mutiara akan semakin menurun dengan meningkatnya jumlah kerang mutiara yang dibudidayakan sehingga pertumbuhan mutiara akan terhambat. Semakin banyak tambak udang yang berada dipesisir pantai akan semakin besar jumlah limbah pakan yang tidak termanfaatkan yang masuk ke perairan dan akan menimbulkan efek negatif bagi tambak itu sendiri, seperti penyakit udang, algal bloom dan lain-lain. Analogi yang sama akan terjadi pada suatu jenis ikan budidaya lainnya dan pada perairan lainnya.
Secara alamiah, perairan memiliki kemampuan tertentu untuk mengakomodasi dan menetralisir dampak dari keberadaan industri budidaya laut terhadap kualitas lingkungan. Kemampuan tersebut memiliki batasan tertentu yang berbeda antara satu perairan dengan perairan yang lainnya. Perubahan parameter fisik, kimia dan biologi dengan keberadaan areal budidaya laut dengan skala besar masing-masing memiliki batasan ideal dimana perairan mampu mengembalikan fungsi interaksi antar parameter secara normal dan alamiah. Parameter-parameter tersebut meliputi suhu, salinitas, oksigen terlarut, fosfat, nitrat, nitrit, silikat, unsur dan senyawa kimia perairan (organik-inorganik, senyawa kompleks dan lain-lain) dan biota makro-mikro perairan. Jika perairan tersebut telah melewati beban dari batas kemapuannya karena keberadaan industri budidaya laut dalam skala besar maka selain kualitas perairan tersebut menurun akan berefek negatif terhadap budidaya laut itu sendiri. Oleh karena itu, kajian mengenai budidaya laut dan daya dukung lingkungan perairan sangat penting untuk dilakukan sebelum ditetapkannya suatu areal perairan sebagai lokasi industri budidaya dalam skala besar. Jika tidak dilakukan maka kerugian tersebut akan dialami oleh lingkungan perairan dan berdampak balik terhadap industri budidaya itu sendiri.
Banyak pendekatan metode yang telah dilakukan untuk mengkaji hubungan antara budidaya laut dengan daya dukung lingkungan perairan, tetapi metode tersebut lebih bersifat empiris dan statistik untuk kebutuhan manajemen pengambil keputusan. Metode tersebut dapat lebih cepat, tepat dan akurat dengan menggunakan pendekatan dinamis berbasis proses fisik, kimia dan biologi perairan melalui teknologi pemodelan sehingga proses pengambilan keputusan lebih cepat, tepat dan efektif.
Skenario pemodelan dibangun berdasarkan lokasi yang direncanakan dialokasikan untuk industri budidaya laut dan kemudian disusun skenario model pada kondisi alamiah perairan. Pemodelan dilakukan dengan skenario periode waktu yang sesuai dengan variabilitas di perairan tersebut. Dari hasil pemodelan akan terlihat selang nilai kondisi normal dari masing-masing parameter, interaksi antara proses-proses fisik-kimia-biologi perairan, kemantapan stabilitas lingkungan perairan dan kemampuan perairan tersebut untuk melakukan pemulihan alamiah. Skenario pemodelan berikutnya disusun berdasarkan aktifitas budidaya itu sendiri, sehingga dapat diketahui pengaruh keberadaan industri budidaya terhadap kualitas lingkungan perairan.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mengkaji pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut dimana kajian ini sangat berperan besar terhadap kualitas ikan yang dibudidayakan. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola distribusi dan konsentrasi parameter fisik, kimia dan biologi terlarut. Jika parameter fisik, kimia dan biologi berinteraksi dengan substansi partikel maka kajian ini membutuhkan modul model Pergerakan Partikel. Modul Model Ekosistem digunakan untuk mengkaji interaksi antara proses-proses fisik-kimia dan hubungannya dengan siklus biota dalam ekosistem perairan tersebut.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi budidaya laut dan daya dukung lingkungan perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.