Industri budidaya laut di Indonesia seringkali mengalami pasang-surut, kadang mengalami masa keemasan dan suatu saat dapat jatuh dengan cepat dan mengalami kebangkrutan. Kegagalan tersebut tidak hanya dipicu oleh naik-turunnya harga jual produk budidaya karena permintaan pasar yang berfluktuasi dan kurangnya strategi pemasaran, tetapi lebih besar kegagalan tersebut disebabkan oleh kondisi lingkungan perairan yang tidak optimal. Sebagai contoh, pada masa lalu perairan pantai utara jawa merupakan daerah tambak udang yang luas dan memberikan keuntungan yang besar, tetapi karena mendapat tekanan dari buangan limbah maka muncul penyakit-penyakit udang sehingga mengalami gagal panen. Kejadian ini terjadi berulang-ulang sehingga mengakibatkan kebangkrutan dari industri budidaya ini.
Kendala utama yang muncul adalah antara lain pemilihan lokasi budidaya laut yang kurang tepat untuk suatu jenis ikan budidaya tertentu, daya dukung perairan yang kurang memadai, identifikasi jenis ikan budidaya yang tidak optimal di suatu perairan tertentu dan strategi pengelolaan budidaya yang tidak optimal. Kendala-kendala ini dapat diatasi jika sepanjang perencanaan pembangunan industri budidaya sampai dengan pengelolaannya didukung oleh teknologi pemodelan. Teknologi pemodelan ini dapat membantu untuk mengambil keputusan dari mulai perencanaan, pembangunan sampai dengan pengelolaan dengan memodelkan dan mensimulasikan kondisi perairan lingkungan budidaya laut.
Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari manajemen budidaya laut dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.