Habitat perairan merupakan tempat atau lingkungan perairan dimana suatu biota laut hidup di dalamnya. Jika tempat tinggal biota laut terganggu maka biota laut tersebut akan terganggu pula. Jika habitatnya terganggu, pilihan bagi biota laut tersebut adalah mencari tempat yang baru atau tetap bertahan dengan kondisi yang minimal. Kondisi habitat perairan ini ditentukan oleh kualitasnya. Kualitas habitat perairan yang baik bagi biota laut adalah kondisi lingkungan perairan dimana biota laut dapat hidup dengan optimal sesuai dengan toleransi batasan hidupnya untuk menyesuaikan diri. Toleransi ini berbeda-beda untuk tiap organisme laut, sebagai contoh biota tertentu akan hidup optimal pada suhu 25 – 27°C, tetapi pada biota laut lainnya membutuhkan 23 – 25°C. Keadaan ini berlaku pula untuk parameter lainnya.
Dalam penentuan kualitas habitat perairan, perlu dilakukan identifikasi biota yang hidup di habitatnya dan penentuan nilai toleransi parameter fisik, kimia dan biologi dari masing-masing biota. Skenario pemodelan dibangun berdasarkan parameter-parameter tersebut dan mensimulasikannya untuk mengetahui perubahan yang akan terjadi di dalam habitat dan dampaknya terhadap biota yang ada.
Modul model Hidrodinamika dan Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut yang bermanfaat untuk mengkaji bagaimana parameter-parameter fisik dan kimia terdistribusi dan dampaknya terhadap kualitas habitat perairan. Modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel, penting digunakan karena pada kebanyakan habitat perairan sangat erat kaitannya dengan pola penyebaran sedimen. Modul model Analisis Tumpahan Minyak dapat digunakan jika di perairan yang akan dikaji kualitas habitatnya sering terjadi tumpahan minyak atau berpotensi terjadi tumpahan minyak. Jika kebutuhan biota akan habitat yang optimal memerlukan beragam parameter yang saling berinteraksi maka modul model Ekosistem dapat digunakan. Modul model GIS Kelautan digunakan untuk memetakan keselurahan luaran dari simulasi model dan mengintegrasikan dengan informasi penting lainnya, sehingga mudah diinterpretasikan dan mempercepat proses pengambilan keputusan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi kualitas habitat perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.