Kemampuan suatu perairan dalam menerima suatu beban bahan tertentu dari luar sistem perairannya sehingga dapat dinetralkan atau distabilkan kembali dalam jangka waktu tertentu memiliki jumlah dengan batasan tertentu. Batasan tersebut dapat didefinisikan berdasarkan regulasi yang ada atau dapat dihitung kondisi nyatanya di perairan tersebut. Kondisi nyata inilah yang menjadi batasan atau disebut pula ambang batas suatu perairan mempertahankan kestabilannya atau sering disebut pula daya dukung lingkungan perairan. Pada suatu perairan dengan perairan lainnya memiliki daya dukung lingkungan yang berbeda-beda. Perbedaan ini ditentukan oleh berbagai faktor fisik, kimia dan biologi beserta interaksi di dalam perairannya. Faktor fisik meliputi kondisi sirkulasi perairan yang ditentukan oleh proses-proses hidrodinamika, faktor kimia meliputi komposisi kimiawi perairan dan faktor biologi berkaitan erat dengan keberadaan suatu organisme yang menempati suatu habitat dalam suatu ekosistem yang berinteraksi dengan faktor fisik dan kimia perairan. Kondisi ini terlihat menjadi sangat kompleks, oleh karena itu melalui teknologi pemodelan, kondisi ini dapat disederhanakan dan mudah untuk dipahami bagaimana keseluruhan sistem bekerja.
Skenario pemodelan yang akan dibangun untuk mengkaji daya dukung di suatu perairan dibagi dalam dua kelompok besar yaitu perairan alamiah dan perairan non alamiah (sudah terdapat aktifitas manusia). Pada perairan yang masih alamiah, skenario disusun berdasarkan karakter kondisi fisik, kimia dan biologi yang telah ada dengan cara mengidentifikasikan interaksi diantaranya. Setelah diketahui interaksinya, kemudian disusun parameter-parameter yang berperan dalam menentukan daya dukung lingkungan di perairan tersebut. Masing-masing parameter kemudian dimodelkan dengan berbagai nilai dari nilai yang minimum sampai dengan nilai yang ekstrim. Dari selang nilai ini, akan dicari nilai paling optimal yang tidak akan menimbulkan dampak negatif bagi kestabilan interaksi antara faktor fisik, kimia dan biologi, khusus faktor biologi yaitu biota yang menyusun suatu ekosistem di perairan. Nilai optimal yang diperoleh dijadikan dasar atau batasan alamiah jika ada suatu aktifitas yang dibangun mengeluarkan sejumlah bahan atau limbah yang masuk kedalam perairan.
Pada perairan non alamiah, pendekatan pembangunan skenario pemodelan dilakukan dengan mengidentifikasikan parameter fisik, kimia dan biologi yang timbul dari aktifitas manusia yang telah ada. Setiap parameter yang memberikan peluang untuk mengganggu kestabilan perairan dimodelkan dengan tujuan untuk mengetahui seberapa besar dampak yang akan ditimbulkannya. Nilai-nilai ambang batas non alamiah akan dapat diketahui jika pada kondisi maksimum secara optimal perairan dapat menetralkannya. Nilai batas alamiah dapat diketahui jika perairan tersebut masih menunjukkan tidak terdapatnya gangguan dari aktifitas manusia.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mengkaji karakteristik fisik perairan meliputi pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut. Modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola penyebaran konsentrasi parameter-parameter kimia terlarut, sedangkan modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel digunakan untuk mengkaji pola penyebaran konsentrasi parameter kimia laut yang tersuspensi di dalam sedimen. Modul model tumpahan minyak akan menjadi penting digunakan jika perairan yang akan dikaji daya dukung lingkungannya sering terdapat tumpahan minyak atau berpotensi terjadi tumpahan minyak. Modul Model Ekosistem digunakan untuk mengkaji interaksi antara proses fisik, kimia dan biologi perairan yang memberikan kontribusi terhadap daya dukung lingkungan perairan. Modul model GIS Kelautan akan bermanfaat untuk mengintegrasikan hasil pemodelan dan simulasi ke dalam sistem informasi geografis sehingga dapat dengan mudah untuk menginterpretasikan kedalam peta-peta daya dukung lingkungan perairan. Modul model Aliran Sungai bermanfaat jika perairan yang akan dikaji daya dukung lingkungannya merupakan perairan yang terdapat muara sungai dimana aliran sungai ini akan menjadi penting dalam mengkaji daya dukung lingkungan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi daya dukung lingkungan perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.