Perkembangan pembangunan dan pemanfaatan wilayah pesisir dan lautan dengan segala aktifitasnya termasuk budidaya laut dapat menekan kualitas perairan. Kualitas perairan akan terganggu apabila terjadi ketidakseimbangan unsur-unsur yang terkandung di dalam perairan tersebut. Gangguan tersebut dapat berupa masuknya unsur lain kedalam perairan baik secara alamiah maupun dampak dari pembangunan dan pemanfaatan wilayah pesisir dan lautan. Hal ini bukan berarti bahwa tidak diperbolehkan untuk memanfaatkan wilayah pesisir dan lautan untuk kepentingan manusia, tetapi lebih cenderung untuk melakukannya penyelarasan fungsi-fungsi perairan dengan pemanfaatannya. Oleh karena itu, perlu untuk melakukan pendekatan yang tepat untuk mengkaji keterkaitan antara kualitas perairan dan pemanfaatannya.
Teknologi pemodelan dapat mensimulasikan proses-proses yang terjadi di dalam suatu perairan dalam kaitannya dengan kualitas perairan baik perairan yang masih alami maupun perairan yang telah berinteraksi dengan aktifitas manusia. Bahan-bahan pencemar alami maupun hasil buangan dari aktifitas manusia yang masuk ke dalam sistem pesisir dan lautan dapat dimodelkan dengan membangun skenario-skenario ambang batas bahan pencemar dari regulasi yang ada untuk mendapatkan kombinasi yang optimal sehingga selaras dengan daya dukung lingkungan perairan. Pada akhirnya dapat terjaga kualitas habitat di perairan tersebut.
Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari kualitas perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.