Perairan di muara sungai adalah perairan yang paling rentan terhadap perubahan yang terjadi di sungai dan di laut. Hal ini disebabkan karena kualitas perairan muara sungai sangat ditentukan oleh kondisi kualitas di sungai dan di laut. Kualitas perairan di muara sungai dapat mencerminkan kondisi perairan di badan sungai dan di laut sehingga dapat menduga kondisi kualitas perairan di sungai dan perairan laut tersebut. Kualitas perairan di muara sungai dikatakan baik adalah jika tidak ada pengaruh yang merugikan yang berasal dari sungai dan laut terhadap organisme, habitat dan fungsi ekosistem di perairan muara sungai. Meskipun dinamika perairan di muara sungai yang besar, tetapi dinamika tersebut berlangsung konstant dan tidak bersifat merugikan bagi kehidupan organisme di muara sungai maka dapat dikatakan muara sungai tersebut memiliki kualitas yang baik. Kualitas muara sungai yang terjaga dengan baik akan mempertahankan keberlangsungan kehidupan organisme tersebut termasuk komoditi bernilai ekonomis yaitu udang dan lobster.
Teknologi pemodelan dapat secara komprehensif menggambarkan proses-proses yang yang mempengaruhi kualitas perairan di muara sungai dengan menggunakan skenario dan simulasi pemodelan untuk memperlihatkan pengaruh dari sungai dan laut terhadap organisme, habitat dan ekosistemnya. Pertanyaan mengenai mengapa kuantitas udang galah dan lobster berkurang atau bilamana udang galah dan lobster akan hilang di suatu perairan muara sungai akan terjawab dan dapat disimulasikan melalui skenario pemodelan.
Modul model yang digunakan dalam membangun skenario pemodelan kualtias perairan muara sungai adalah meliputi modul Hidrodinamika dan Aliran Sungai untuk mengkaji pola sirkulasi arus arus laut dan sungai, modul Adveksi-Dispersi digunakan untuk mensimulasikan penyebaran bahan kimia terlarut di sungai dan di laut, modul Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel digunakan untuk mensimulasikan pola penyebaran sedimen di sungai dan di laut dan modul Model Ekosistem digunakan untuk mensimulasikan skenario dari pengaruh organisme laut terhadap perubahan kualitas di perairan muara sungai.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi kualitas perairan muara sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.