Badan sungai merupakan sumber-sumber berbagai macam bahan pencemar (point sources) dari mulai hulu sampai hilir sungai di sepanjang daerah aliran sungai (cacthment area). Pada saat limbah tersebut sampai di muara sungai dan menimbulkan dampak gangguan organisme dan habitat tersebut, kesulitan akan muncul pada saat mengidentifikasikan asal sumber pencemar. Hal ini terjadi karena meskipun dapat mengidentifikasi jenis bahan limbah pencemar tersebut tetapi sulit untuk diketahui jika terdapat dua atau lebih sumber buangan limbah jenis tersebut di sepanjang sungai. Sumber buangan limbah mana yang sebenarnya mencemari perairan muara sungai.
Teknologi pemodelan dapat secara langsung membantu untuk mensimulasikan bagaimana karakteristik pola sebaran limbah bahan pencemar dari sumber-sumber yang diduga dari mulai asalnya sampai ke muara sungai. Perbandingan, selisih dan total konsentrasi dan spesiasi senyawa komplek bahan pencemar di sepanjang pola sebaran individu dapat menentukan sumber bahan limbah pencemar berasal.
Modul model hidrodinamika dan Aliran sungai digunakan untuk mensimulasikan pola aliran arus di sepanjang sungai sampai ke muara sungai. Modul Adveksi-Dispersi digunakan untuk mensimulasikan prilaku sebaran bahan limbah polutan terlarut beserta perubahan konsentrasinya. Modul Analisis Tumpahan Minyak digunakan khusus untuk mensimulasikan material minyak di sepanjang sungai. Modul model Ekosistem digunakan untuk mensimulasikan kondisi parameter-parameter fisik, kimia dan biologi dan respon dampak terhadap organisme di muara sungai. Hasil pemodelan dan informasi spasial pendukung yang lainnya diintegrasikan dengan menggunakan modul GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi identifikasi kerentanan limbah di sepanjang sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.