Pemanfaatan daerah aliran sungai dan pesisir pantai kerap kali terlihat, terutama daerah yang memiliki tata ruang pesisir yang dapat dimanfaatkan atau disediakan pemeritah sebagai areal industri dan perumahan. Meskipun regulasi dari pemerintah untuk buangan limbah telah ditetapkan standar minimumnya, tetapi masih memungkinkan untuk terjadi pencemaran akibat kelalaian prosedur ataupun akumulasi bahan buangan limbah yang menjadi bahan pencemar. Buangan limbah ini akan menjadi potensi pencemaran yang signifikan apabila kemampuan perairan untuk menetralisir limbah tersebut menurun. Kemampuan ini berbeda-beda untuk setiap perairan. Oleh karena itu, potensi bahan pencemar ini perlu diantisipasi dengan cara mengetahui distribusi bahan buangan limbah jika bahan buangan limbah tersebut terjadi perubahan karakteristik dan memiliki sifat toksik sebagai bahan pencemar. Pola distribusi buangan limbah pencemar ini sangat penting untuk diketahui, apakah akan sampai ke lokasi perairan yang memiliki biota yang sensitif terhadap buangan bahan limbah pencemar dan kemungkinan kerusakan yang akan ditimbulkannya.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk mengkaji potensi buangan limbah pencemar dan pola distribusinya apabila bahan buangan limbah tersebut telah melampaui batas dari regulasi yang ada akibat kelalaian prosedur atau akibat dari proses akumulasi limbah buangan sehingga terjadi perubahan bersifat toksik. Tahapan penyusunan skenario pemodelan dilakukan dengan mengidentifikasikan potensi sumber-sumber buangan limbah, identifikasi jenis buangan limbah, identifikasi komponen kimiawi yang berpotensial sebagai parameter kimia pencemar dan tahapan terakhir adalah dengan memodelkan bahan buangan limbah tersebut sehingga dapat diketahui pola distribusinya, konsentrasi parameter kimia toksik dan kemungkinan terjadinya akumulasi bahan limbah buangan menjadi bahan kimia pencemar. Pola distribusi potensi limbah buangan bahan pencemar diintegrasikan dengan hasil model dari kondisi lingkungan perairan meliputi pasang-surut, sirkulasi arus dan kondisi klimatologi yang bervariasi secara bulanan atau musiman sehingga dapat diketahui pola normal potensi distribusi limbah buangan bahan pencemar. Tujuannya adalah jika terjadi pencemaran limbah buangan bahan pencemar dari suatu sumber pada bulan atau musim tertentu, dapat dengan cepat dan mudah diketahui kemungkinan pola distribusinya, apakah akan mencapai habitat biota tertentu dan kemungkinan dampaknya.
Modul model Hidrodinamika dan Adveksi-Dispersi digunakan untuk mensimulasikan sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan pola distribusi bahan buangan limbah yang memiliki unsur-unsur kimiawi yang bersifat toksik. Modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel digunakan untuk mengidentifikasikan dan mensimulasikan pola distribusi bahan buangan limbah yang berasosiasi dengan sedimen. Jika terdapat potensi tumpahan minyak atau limbah buangan air terproduksi maka modul model Analisis Tumpahan Minyak digunakan untuk mensimulasikan pola distribusinya. Perairan yang memiliki muara sungai di daerah estuari, dapat menggunakan modul model Aliran Sungai. Hasil pemodelan dan simulasinya diintegrasikan dengan data dan informasi lainnya dengan menggunakan modul model GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi distribusi bahan pencemar dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.