Kajian dampak limbah pencemar perairan dalam kerangka dampak lingkungan sangat penting untuk dilakukan sebelum dilaksanakannya pembangunan di daerah aliran sungai, pesisir pantai dan perairan laut untuk kepentingan aktifitas manusia. Pada prinsipnya, aktifitas manusia dan pemanfaatan wilayahnya dapat berjalan dengan serasi dan selaras jika memiliki pemahaman mengenai karakteristik perairan beserta biota yang menempatinya. Regulasi yang ada telah menetapkan batasan-batasan dari berbagai parameter bahan pencemar, tetapi terkadang batasan tersebut kurang memperhatikan kondisi dan karakter di perairan tersebut.
Sebagai contoh, misalnya limbah buangan panas dari suatu industri yang berbeda tempat dimana kondisi perairan di kedua tempat tersebut memiliki perbedaan karakteristik suhu perairan yang signifikan. Pada tempat yang pertama, suhu perairan normal tahunan memiliki interval antara 29-31°C dan di perairan yang kedua sebesar 26-28°C maka jika buangan limbah panas dari kedua industri tersebut sebesar 35°C, dampak yang lebih besar terasa adalah di perairan kedua yang memiliki suhu perairan antara 26-28°C dibandingkan dengan perairan pertama yaitu sebesar 29-31°C.
Hal ini terjadi karena perubahan yang disebabkan oleh masuknya limbah panas pada perairan yang kedua lebih besar daripada perairan yang pertama. Respon biota pada perairan kedua akan lebih terganggu dibandingkan perairan yang pertama atau bahkan mungkin di perairan yang pertama dengan adanya masukan limbah panas sebesar 35°C keberadaan biota di perairan tersebut tidak akan tergganggu. Kondisi perairan lain yang mungkin terjadi adalah dengan berubahnya suhu sebesar hanya 0.75°C saja akan menyebabkan terganggunya biota di perairan tersebut. Fakta lainnya adalah bagaimana pola sebaran penurunan suhu perairan dari sumber buangan limbah panas sampai di suatu tempat tertentu dan berapa perubahan suhu yang terjadi sampai di suatu habitat perairan dimana biotanya sensitif terhadap perubahan suhu. Analogi yang sama akan berlaku pada kasus parameter-parameter buangan limbah yang lainnya.
Berdasarkan ilustrasi di atas, terlihat kompleksitas dalam mengkaji dampak limbah pencemar yang masuk ke suatu perairan. Regulasi yang ada disatu sisi akan mengamankan lingkungan perairan dan mungkin pula terjadi pada perairan lain tidak memiliki dampak sama sekali sehingga mengurangi nilai tambah dengan keberadaan suatu industri yang memanfaatkan wilayah di dekat perairan.
Teknologi pemodelan dapat membantu dalam melakukan kajian mengenai dampak limbah buangan pencemar dengan efektif. Tahapan yang dilakukan dalam membangun skenario pemodelan adalah dengan cara mengidentifikasikan sumber-sumber buangan limbah pencemar, identifikasi jenis parameter fisik, kimia dan biologi bahan pencemar, pemodelan pola distribusi dan konsentrasi bahan pencemar dan tahapan terakhir adalah identifikasi dampak lingkungan dari mulai habitat sampai dengan biota penyusun perairan tersebut. Luaran rekomendasi dari hasil simulasi pemodelan adalah ambang batas nyata yang secara signifikan akan mempengaruhi lingkungan beserta biota penyusunnya. Ambang batas nyata parameter ini, hasilnya mungkin akan di atas atau bahkan dibawah ambang batas dari regulasi yang ada.
Modul model Hidrodinamika dan Adveksi-Dispersi digunakan untuk mensimulasikan sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan pola distribusi konsentrasi limbah pencemar perairan. Modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel dimanfaatkan untuk mengkaji bahan pencemar yang mungkin berasosiasi dengan keberadaan sedimen atau mungkin digunakan untuk mensimulasikan sedimen sebagai bahan pencemar. Jika bahan buangan limbah pencemar memiliki kandungan minyak, modul model Analisis Tumpahan Minyak digunakan. Modul model Aliran Sungai digunakan apabila diperairan tersebut merupakan perairan estuari yang memiliki muara sungai. Hasil dari simulasi dan pemodelan diintegrasi dengan data dan informasi tambahan lainnya dengan menggunakan modul model GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi dampak limbah pencemar dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.