Kualitas suatu ekosistem di dalam perairan tertentu dikata baik apabila ekosistem tersebut disusun oleh struktur komunitas yang lengkap. Jika struktur komunitas lengkap maka ekosistem tersebut akan stabil dan fungsi ekosistem sebagai suatu sistem akan bekerja dengan sempurna. Indentifikasi gangguan suatu ekosistem sangat sulit untuk dilakukan karena sifat dari perairan yang sangat dinamis baik ditinjau dari faktor fisik, kimia maupun biologi. Dinamika perairan yang cepat berubah ini dapat disimulasikan melalui teknologi pemodelan. Skenario pemodelan yang diinginkan dapat dibangun sesuai dengan perubahan-perubahan parameter fisik, kimia dan biologi yang terjadi di perairan. Fungsi ekosistem sebagai suatu sistem dapat direkayasa dan dikemas dalam suatu susunan skenario pemodelan, sehingga gangguan-gangguan yang akan diidentifikasikan dapat dibangkitkan untuk mengkaji kemungkinan respon dari struktur komunikas yang ada dalam ekosistem tersebut. Jika dari hasil penyusunan skenario-skenario pemodelan dan dari hasil simulasi model yang ada menunjukkan bahwa kestabilannya tetap terjaga maka ekosistem tersebut memiliki kualitas ekosistem yang baik.
Modul model Hidrodinamika bermanfaat untuk mengkaji pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan dapat dipadukan dengan modul model Adveksi-Dispersi untuk mempelajari kemungkinan gangguan dari pola penyebaran parameter-parameter fisik, kimia dan biologi. Modul model Pergerakan Partikel bermanfaat untuk mengkaji penyebaran partikel tersuspensi yang mungkin mengganggu lingkungan perairan. Jika perairan yang akan dikaji memiliki muara sungai maka modul model Aliran Sungai bermanfaat untuk mempelajari suplai parameter kimia dan biologi yang berasal dari aliran sungai. Modul model GIS Kelautan dimanfaatkan untuk mengintegrasikan hasil simulasi yang dibangun dari kombinasi-kombinasi model dengan informasi-informasi tambahan lainnya.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi kualitas ekosistem dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.