Setiap spesies biota laut memiliki tempat tinggal yang sesuai dengan kebutuhan hidupnya yaitu pada habitat di perairan tertentu. Setiap habitat dari suatu spesies pada perairan yang berbeda akan memiliki karakteristik habitat yang berbeda pula meskipun spesiesnya sama. Hal ini terjadi karena kondisi lingkungan di lokasi habitat atau di lingkungan perairan sekitarnya yang berbeda. Perbedaan ini terjadi karena dinamika dari parameter fisik dan kimia perairan memiliki kekhasan tersendiri. Oleh karena itu, meskipun spesies yang sama menempati suatu habitat di perairan yang berbeda akan terlihat terdapat perbedaan karakteristiknya meskipun sedikit. Kajian mengenai habitat perairan menjadi lebih menarik, mengingat keragaman karakteristik spesies yang ada.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk memahami perubahan yang terjadi di suatu habitat pada perairan tertentu. Skenario pemodelan dibangun berdasarkan karakter lingkungan perairan sekitarnya, sehingga diharapkan hasil simulasi dari model dapat mendekati kondisi sebenarnya. Setelah didapat pemahaman mengenai karakteritik lingkungan perairan di lokasi habitat dan lingkungan perairan sekitarnya dapat diketahui bagaimana suatu spesies biota laut beradaptasi dengan lingkungan perairan yang telah dibangun oleh model.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mengkaji pola sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan modul model Adveksi-Dispersi digunakan untuk mempelajari pola distribusi parameter fisik dan kimia perairan. Modul model Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel juga digunakan karena banyak habitat yang tergantung dari keberadaan dan jenis sedimen sebagai sumber nutrien dan tempat hidupnya. Modul model ekosistem berperan untuk mensimulasikan skenario model yang membutuhkan interaksi yang kompleks antara parameter fisik, kimia dan biologi. Pada perairan yang dekat atau memiliki muara sungai, modul model Aliran Sungai dibutuhkan untuk mensimulasikan masukan bahan-bahan yang ikut dalam aliran sungai.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi habitat perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.