Penelitian dan pengkajian mengenai ekosistem perairan penting untuk dilakukan, karena memberikan kontribusi keilmuan mengenai pemahaman hubungan antara lingkungan dengan biota perairan sebagai satu kesatuan sistem yang tidak dapat dipisahkan. Interaksi antar biota dalam jaring makanan dan lingkungannya memiliki keterkaitan antara satu dengan lainnya. Jika salah satu jaring makanan terputus maka akan mempengaruhi siklus tranport energi. Begitu pula jika, kondisi lingkungan tidak memadai maka biota perairan akan terganggu dan mempengaruhi keberadaannya. Ekosistem dengan kualitas yang baik adalah ekosistem yang memiliki kesetimbangan energi dan kondisi lingkungan yang memenuhi syarat keberadaan suatu biota di perairan tertentu. Oleh karena itu habitat tempat dimana organisme perairan tinggal, penting untuk dikaji lebih jauh.
Teknologi pemodelan dapat membantu untuk mengkaji secara komprehensif kegiatan riset yang berkaitan dengan ekosistem perairan. Interaksi antara lingkungan dengan biota perairan dapat dengan mudah untuk dipahami. Kondisi habitat yang menyertainya dapat disimulasikan karakternya dan pada akhirnya dapat dikaji bagaimana tingkat kualitas suatu ekosistem di perairan tertentu.
Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari ekologi perairan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.