Desain pipa pengambilan air laut (intake) dan pipa buangan limbah panas (outfall) untuk proses pendinginan mesin sangat menentukan dalam efektifitas pendinginan dan mengurangi dampak dari limbah panas yang dibuang ke laut. Perencanaan disain pipa pada umumnya terdiri dari penentuan penempatan lokasi pipa pengambilan air laut dan lokasi pipa buangan limbah panas, kedalaman pipa pengambilan air laut dan kedalaman pipa buangan limbah panas dan jumlah pipa pengambilan air laut dan jumlah pipa buangan limbah panas. Penentuan penempatan, kedalaman dan jumlah pipa yang optimal mempertimbangkan kondisi iklim dan perairan di sekitar lokasi tersebut. Disain yang optimal adalah disain yang menghasilkan perbedaan suhu yang kecil antara buangan limbah panas dengan suhu perairan dan pengambilan air laut yang memiliki suhu terendah yang optimal serta dampak yang dihasilkan terhadap lingkungan dapat diminimaliskan.
Teknologi pemodelan dapat membantu pengambilan keputusan disain pipa buangan limbah panas dengan melakukan pemodelan dalam skala mikro (lokal) menggunakan simulasi 3 dimensi (3D) dengan resolusi tinggi. Perubahan suhu antara sumber buangan dan suhu perairan dapat disimulasikan dengan menggunakan beberapa skenario dengan mengatur debit air yang keluar, suhu air buangan, kondisi perairan (arus, gelombang dan lain-lain) dan kondisi udara dengan cuaca serta iklim yang berbeda. Distribusi perbedaan suhu (plume) dapat diketahui arah dan sebarannya secara 3D.
Modul Hidrodinamika digunakan untuk mensimulasikan kondisi perairan meliputi arus dan gelombang sedangkan modul Adveksi-Dispersi digunakan untuk mengkaji pola perpindahan (transport), penyebaran (dispersion) dan pengurangan (decay) dari limbah buangan panas. Efek dari perubahan suhu terhadap habitat dalam suatu ekosistem di perairan tersebut ditelaah dengan menggunakan modul model Ekosistem, sedangkan jika lokasi pembungan limbah panas terdapat di sekeitar perairan estuari maka modul Aliran Sungai dapat diintegrasikan untuk menghasilkan luaran model yang lebih akurat. Hasil dari pemodelan dapat diintegrasikan visualisasi dan basis data pemodelan dengan menggunakan modul GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi desain pipa buangan limbah panas dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.