Perubahan iklim global berdampak pula terhadap pola kejadian badai di pesisir pantai Indonesia. Datangnya angin puting beliung atau disebut juga angin puyuh seringkali menerjang beberapa daerah di pesisir Indonesia. Meskipun angin puting beliung ini merupakan ekor dari sisa badai besar diluar perairan Indonesia, tetapi dampak yang terjadi menimbulkan gelombang besar yang menerjang dan merusak pantai di pesisir Indonesia. Gelombang besar ini dipicu oleh kekuatan angin besar yang melanda daerah di pesisir dan merusak bangunan-bangunan baik permanen maupun semi permanen. Banjir karena badai dapat menggenangi dalam jangka waktu pendek maupun lama. Tergantung dari profil dari topografi dan kekuatan dari gelombangnya. Jika terdapat profil topografi yang lebih rendah dibandingkan di tepi pantai maka genangannya akan semakin lama dan jika kekuatan dari gelombang yang dibangkitkan oleh arus cukup kuat maka masuknya air laut ke daratan akan lebih jauh lagi dari tepi pantai. Banjir badai ini umumnya akan merusak profil pantai karena kekuatan gelombang pada saat menerpa daratan di tepi pantai. Jika banjir badai terjadi dengan frekuensi kejadian yang besar di suatu tempat maka lambat laut akan terjadi perubahan garis pantai.
Modul utama untuk mensimulasikan banjir badai adalah modul gelombang yang terdiri dari Gelombang Boussunesq untuk mensimulasikan kondisi real dari efek gelombang yang dibangkitkan oleh angin. Modul gelombang lainnya seperti Gelombang Spektral, Spektral di Perairan Dangkal, Parabolic Mild Slope, Elliptic Mild Slope, Refraksi-difraksi Gelombang dan Perangkat analisis gelombang digunakan untuk melihat karakteristik gelombang akibat dari banjir badai. Modul Hidrodinamika digunakan untuk memperhitungkan perubahan tinggi muka laut akibat gaya pembangkit pasang-surut.
Dampak dari banjir badai dapat berakibat perubahan bentukan pantai. Perubahan bentukan pantai ini dapat dianalisis dan disimulasikan menggunakan modul Morphologi Pantai, Proses Litoral dan Dinamika Garis Pantai. Hasil dari semua modul yang digunakan berupa visualisasi hasil simulasi model dapat diintegrasikan kedalam sistem informasi kelautan melalui modul GIS Kelautan.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi banjir badai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.