Aliran sungai merupakan tempat berkumpulnya limpahan air di daratan yang disebabkan oleh curah hujan yang tinggi. Melalui aliran sungai ini, kelebihan air akan terbawa masuk ke dalam sistem perairan laut. Bahan-bahan yang bersifat berbahaya atau tidak, yang biasanya tetap dasar di sungai, akan masuk dan terakumulasi di muara sungai. Bahan-bahan tersebut biasanya berupa senyawa-senyawa kimia yang berasosiasi dengan sedimen di dasar sungai. Di sepanjang aliran sungai, karena limpahan air dari daratan, terjadi proses turbulen yang kuat dan proses turbulen ini berlanjut sampai ke muara sungai. Pada saat mencapai muara sungai, terjadi proses percampuran massa air dari sungai dan perairan laut. Semua proses fisik, kimia dan biologi yang terjadi di laut, dari yang semula bersifat normal dan stabil akan mengalami perubahan-perubahan yang dramatis. Semua siklus dari ekosistem akan terganggu. Dalam periode jangka pendek akan berdampak kritis dan mematikan, sedangkan pada periode jangka panjang akan berdampak fatal, yaitu dimana akan menyebabkan hilangnya suatu struktur komunitas dalam ekosistem.
Skenario pemodelan dibangun dimulai dari pemodelan daerah resapan air (cacthment area), aliran air permukaan, sepanjang aliran sungai sampai ke muara sungai dan perairan laut. Skenario pemodelan disusun mulai dari intensitas curah hujan sampai dengan pergerakan material yang terbawa oleh aliran sungai. Dampak dari masuknya air tawar beserta material yang dibawa oleh aliran sungai, setelah dimodelkan akan terlihat dengan jelas dan mempermudahkan kajian yang dilakukan.
Modul model Banjir di Daratan digunakan untuk mengkaji proses dari mulai curah hujan, resapan air tanah, aliran air sampai masuk ke sungai. Hasil dari pemodelan modul model Banjir di Daratan dimanfaatkan oleh modul model Aliran Sungai untuk mengetahui bagaimana proses-proses yang terjadi di sepanjang aliran sungai. Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mensimulasikan pola sirkulasi dan tinggi muka laut dari hasil pemodelan dengan menggunakan modul model Aliran Sungai. Modul model Pergerakan Sedimen Dasar, Pergerakan Sedimen Kolom Air dan Pergerakan Partikel digunakan untuk mengkaji pola distribusi material yang terbawa oleh sirkulasi air dari mulai air di daratan, aliran sungai sampai ke muara sungai dan laut.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi banjir dari sungai dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.