Masuknya air dari daratan dalam jumlah yang berlebihan, baik melalui aliran sungai ke muara ataupun limpasan air permukaan ke pesisir pantai karena besarnya curah hujan di daratan dapat mengakibatkan perubahan kondisi lingkungan perairan secara drastis. Perubahan ini akan berdampak pada ketidakseimbangan peran ekosistem di perairan. Perubahan tersebut terjadi mungkin hanya dalam periode waktu yang pendek sampai air limpahan banjir tersebut habis, tetapi waktu yang sebentar tersebut akan berakibat kritis untuk jangka pendek dan berakibat fatal untuk jangka panjang. Dampak tersebut meliputi penurunan salinitas dengan cepat karena pengenceran dari air tawar, meningkatkan partikel-partikel sedimen yang berasal dari gerusan di daratan, meningkatkan turbiditas, menurunkan tingkat penetrasi matahari, meningkatkan kandungan bahan toksik yang berasal dari limbah di daratan, menurunkan kemampuan asimilatif perairan dan penurunan suhu perairan.
Efek banjir di daratan yang melalui aliran sungai lebih berdampak dari pada banjir dari limpasan permukaan air. Semua materi baik yang bersifat toksik maupun tidak akan terkumpul disepanjang aliran sungai. Biasanya pada aliran sungai yang padat aktifitasnya, sampah-sampah akan terkumpul sampai ke muara sungai. Banjir yang berasal dari limpasan air permukaan, biasanya hanya membawa material berupa gerusan permukaan tanah. Teknologi pemodelan dapat membantu untuk mengkaji pangaruh banjir di daratan. Dampak negatif yang terjadi pada perairan pantai dan muara sungai dapat dianalisis dengan cepat dan tepat. Dampak jangka pendek dan jangka panjang dapat dikaji lebih jauh lagi.
Aplikasi pemodelan yang dapat diterapkan dari banjir di daratan dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.