Pembuatan alur pelayaran di pelabuhan menjadi penting untuk direncanakan dengan matang. Pengerukan (dredging) untuk membuat alur kapal akan mengakibatkan pola arus dan karakteristik gelombang berubah. Perubahan pola arus dan karakteristik gelombang ini dapat pula mengakibatkan perubahan pola penyebaran sedimentasi. Perubahan pola arus dan karakteristik gelombang menjadi penting untuk diinformasikan kepada kapal yang akan masuk ke areal pelabuhan. Hal ini penting karena berkaitan dengan keselamatan kapal ketika memasuki areal pelabuhan. Perubahan pola sedimentasi berguna bagi pengelola pelabuhan untuk merencanakan pembuatan alur yang paling efisien dan memprediksi kapan terjadinya pendangkalan sehingga diperlukan pengerukan ulang di pelabuhan tersebut. Perencanaan yang matang akan menghemat biaya operasional yang cukup besar dan menghindari risiko kecelakaan kapal.
Pada saat pembuatan rencana alur pelayaran, perlu juga mempertimbangkan perencanaan manajemen lalulintas kapal (vessel traffic management) pada saat kapal-kapal memasuki pelabuhan dan pada saat berada di dalam pelabuhan. Perencanaan manajemen lalulintas kapal sangat penting untuk dilakukan dengan sudah mempertimbangkan kondisi perairan di sekitar pelabuhan dan di dalam pelabuhan. Pemilihan prioritas kapal untuk masuk dan keluar pada suatu kondisi perairan tertentu perlu dilakukan. Tujuan dari perencanaan manajemen lalulintas kapal adalah untuk mendapatkan dokumen prosedur pengoperasian standar (standard operating procedure / SOP) untuk manajemen lalulintas kapal. Risiko kecelakaan kapal dapat dikurangi jika dokumen SOP lalulintas kapal disusun dengan benar.
Teknologi pemodelan secara komprehensif dapat membantu membuat perencanaan pembuatan alur pelayaran dan rencana manajemen lalulintas kapal dengan sudah mempertimbangkan kondisi-kondisi perairan, cuaca dan iklim. Skenario pemodelan yang dibangun adalah kondisi pada saat belum dibuat alur pelayaran dan setelah dibuat laut pelayaran. Bagaimana perubahan pola arus dan karakteristik gelombang, pola perubahan penyebaran sedimentasi dan laju sedimentasi di alur sebelum dan sesudah dibuat alur pelayaran dapat disimulasikan dengan tepat. Hasil yang diperoleh adalah optimasi dari bentukan pengerukan alur, lebar alur, kedalaman alur dan rute alur yang paling efektif dan efisien dari mulai memasuki pelabuhan sampai di dalam pelabuhan.
Modul model Hidrodinamika digunakan untuk mensimulasikan sirkulasi arus dan tinggi muka laut dan modul model gelombang meliputi Gelombang Spektral, Gelombang Spektral di Perairan Dangkal, Parabolic Mild Slope, Elliptic Mild Slope dan Refraksi-difraksi Gelombang untuk mensimulasikan karakteristik fenomena-fenomena gelombang di luar dan di dalam pelabuhan. Modul model Perangkat Analisis gelombang digunakan untuk pengolahan dan analisis data hasil observasi survei di lapangan sebagai data input dari modul-modul model gelombang. Jika pembuatan alur pelayaran pada suatu pelabuhan berdekatan dengan muara sungai maka modul model Aliran Sungai perlu untuk diintegrasi sehingga pengaruh dari sungai sebagai sumber sedimentasi turut dipertimbangkan. Modul GIS Kelautan berguna untuk proses integrasi data-data hasil model kedalam bentuk sistem pemetaan berbasis spatial sebagai pendukung perencanaan pembuatan alur pelayaran.
Modul model yang dapat digunakan untuk membangun model dengan skenario dan simulasi pembuatan alur pelayaran dapat dilihat pada menu yang terdapat di bagian kanan.